Es el conjunto de acciones, actividades, planes, políticas, normas, registros, organización, procedimientos y métodos, incluyendo las actitudes de las autoridades y el personal, organizadas e instituidas en cada entidad del Estado, que contribuyen al cumplimiento de los objetivos institucionales y promueven una gestión eficaz, eficiente, ética y transparente.

Se fundamenta en una estructura basada en cinco componentes funcionales:

1. Ambiente de control: Es la actitud global, conciencia y acciones de directores y administración respecto del sistema de control interno y su importancia en la entidad.
2. Evaluación de riesgos: Son factores que pueden incidir interfiriendo el cumplimiento de los objetivos propuestos por el sistema (organización).
3. Actividades de control gerencial: Las actividades de una organización se manifiestan en las políticas, sistemas y procedimientos, siendo realizadas por el recurso humano que integra la entidad.  Todas aquellas actividades que se orienten hacia la identificación y análisis de los riesgos reales o potenciales que amenacen la misión y los objetivos y en beneficio de la protección de los recursos propios o de los terceros en poder de la organización.
4. Información y comunicación: La entidad debe contar con sistemas de información eficientes orientados a producir informes sobre la gestión, la realidad financiera y el cumplimiento de la normatividad para así lograr su manejo y control.
5. Supervisión: Corresponde a la administración la revisión y evaluación sistemática de los componentes y elementos que forman parte de los sistemas de control, a fin de identificar las debilidades del control, así como los controles insuficientes o inoperantes para robustecerlos, eliminarlos o implantar nuevos.