Bajo la denominación Academia Nacional de Música, los primeros años de vida institucional estuvieron marcados por una constante lucha por hacer entender a la sociedad limeña de aquel entonces que la música era una profesión que merecía tanta dedicación y apoyo como cualquier otra carrera. El gobierno adquiere en 1927 un local para la Academia Nacional de Música el mismo que ha sobrevivido a varios terremotos y es considerado actualmente como Sede Histórica de la institución. Por Resolución Suprema N.º 63 de fecha 12 de enero de 1929 el presidente Augusto B. Leguía modifica la anterior denominación por Academia Nacional de Música Alcedo.

Durante los años 1938 y 1939 (hechos previos e inicio de la Segunda Guerra Mundial) mediante la Ley N.° 8743 se crea la Orquesta Sinfónica Nacional, disponiendo que se contrate en el extranjero el número de profesores necesario para que, con la cooperación de los profesores nacionales, se atienda a su organización y funcionamiento. Con la intención de complementar ello, se emiten normas que crean el Consejo de Extensión Musical y disponen que dicho Consejo proponga la reorganización de la Academia Nacional de Música Alcedo y su transformación en Conservatorio Nacional de Música.

A partir del año ​1943 asume la dirección el maestro Carlos Sánchez Málaga quien desarrolló una gestión notable hasta que el 30 de marzo de 1946, mediante Decreto Supremo, bajo la figura de “cese” y “creación” se cambia el nombre de la Academia por el de Conservatorio. La brillante gestión de Carlos Sánchez Málaga, que contó con el respaldo de muchos músicos europeos que habían emigrado al Perú coincidentemente con la Segunda Guerra Mundial, sufrió un duro revés el año 1948 al ser derrocado el presidente José Luis Bustamante y Rivero por el general Manuel A. Odría.

Después de la salida de Carlos Sánchez Málaga hay sucesivos cambios en la dirección general del Conservatorio. En 1951 asume la dirección el músico belga Andrés Sas. En 1952, interinamente, José Malsio, luego el maestro italiano Aurelio Maggioni hasta 1954. El año 1954 asume la dirección el compositor Roberto Carpio, quien permanece hasta 1959. En 1960 se inicia la tercera y última gestión de Carlos Sánchez Málaga, la misma que dura hasta 1969. Encargado de reorganizar la institución, se restituyen los logros alcanzados durante su gestión anterior. Se designó un Consejo Consultivo, se aumentaron las becas para los alumnos y se reinició la publicación del Boletín del Conservatorio. En 1966, mediante la Ley N.° 16201 se otorga autonomía académica y pedagógica al Conservatorio Nacional de Música y a la Escuela Nacional de Bellas Artes. Carlos Sánchez Málaga renuncia en 1969 e ingresa como director interino, Roberto Carpio.

En 1970 asume la dirección José Malsio. Se da un renovado impulso a la actividad coral y orquestal. El gobierno militar de Juan Velasco Alvarado cambió la denominación de Conservatorio por la de Escuela Nacional de Música, y dictó una serie de normas que no contribuyeron al desarrollo de la institución. Por ejemplo, mediante el Decreto Ley N.° 19268 se dispuso la absorción del Conservatorio y otras escuelas de arte por el Instituto Nacional de Cultura, lamentable decisión política que solo favoreció una notable fuga de talentos y el debilitamiento académico y artístico de todas las instituciones involucradas.

El año 1982 la Ley General de Educación 23384 otorga a la Escuela Nacional de Música el rango de Escuela Superior con autonomía académica y económica. Se consolida la Orquesta Sinfónica del Conservatorio, la importante actividad del Coro General y se edita partituras de música peruana. En 1983 la Ley 23626 sustituye texto de la Ley 23384 precisando que “La Escuela Nacional de Bellas Artes y la Escuela Nacional de Música tienen la condición de Escuelas Superiores con autonomía académica, económica y administrativa”.

Entre 1986 y 1990 fue director Armando Sánchez Málaga. Se formuló un currículum basado en el sistema de créditos y áreas de formación, respetando el perfil de la universidad peruana. Se inició el traslado del sistema manual de información académico administrativa al sistema computarizado. En 1994, bajo la dirección de Nelly Suárez de Velit, la Ley 26341 restituye la denominación de Conservatorio Nacional de Música e incluye al Conservatorio en el artículo 99 de la Ley Universitaria 23733. La institución recobró su nombre original y logró que el Estado le asigne un nuevo local, el cual anteriormente perteneció al ex Banco Hipotecario ubicado en el centro histórico de Lima. Los seis niveles de este edificio han sido acondicionados y es donde se desarrolla actualmente la mayor parte de actividades académicas.

En 2008 el Congreso de la República aprobó un proyecto de Ley mediante el cual se faculta al Conservatorio Nacional de Música a otorgar grados académicos de bachiller y títulos profesionales de licenciado. Así, se reconoce a los estudios superiores del Conservatorio como equivalentes a los que se realizan en las universidades. Ese mismo año se recibió una donación del Gobierno Regional del Callao, que permitió la refacción de buena parte de la Sede Histórica, la cual fue reaperturada en marzo de 2010.

En 2010 por Decreto Supremo N.° 008-10-ED del Ministerio de Educación se aprueba el nuevo estatuto, con numerosas innovaciones como la naturaleza de la formación musical, la estructura académica sólida y homologable. En 2014 se entrega los grados de bachiller y títulos de licenciados en Música a docente y egresados que cursaron el Programa de Complementación Universitaria.

El 17 de junio de 2016, por iniciativa legislativa del congresista Hugo Carrillo, el Congreso de la República declara de interés nacional y necesidad pública la construcción de una sede para el Conservatorio, a través de la Ley 30463.

El 25 de junio de 2017, por gestión de la maestra Carmen Escobedo e iniciativa legislativa del congresista Francesco Petrozzi (presidente de la Comisión de Cultura y Patrimonio Cultural), se consiguió en el Pleno del Congreso de la República (por votación unánime de cien votos a favor) la dación de la Ley 30597, Ley que denomina Universidad Nacional de Música al Conservatorio Nacional de Música; publicándose en el diario oficial El Peruano. Gracias a esta ley se podrá ofrecer estudios de postgrado en música.

En diciembre de ese mismo año, a través de la Septuagésima Tercera Disposición Complementaria de la Ley 30693, Ley del Presupuesto del Sector Público para el año fiscal 2018, se otorgó a la Universidad Nacional de Música la calidad de Pliego Presupuestario.

El 23 de setiembre de 2018 se dictó la Ley 30851 que establece medidas para la correcta aplicación de la Ley 30597, Ley que denomina Universidad Nacional de Música al Conservatorio Nacional de Música. Facultando a la Universidad Nacional de Música a enviar al MINEDU una lista de representantes elegidos por sus docentes y estudiantes como candidatos a miembros la Comisión Organizadora.

El 9 de enero de 2019 inició sus funciones la Comisión Organizadora de la Universidad Nacional de Música (UNM) designada mediante la Resolución Viceministerial N° 002-2019-MINEDU y reconformada mediante la Resolución Viceministerial N° 068-2019-MINEDU. Estuvo integrada por la presidenta, maestra Carmen Escobedo, el vicepresidente académico, maestro Claudio Panta y la vicepresidenta de investigación, maestra Lydia Hung, quienes asumieron la conducción y dirección de la institución, emprendiendo las acciones para la adecuación de su Estatuto y órganos de gobierno según lo dispuesto en la Ley 30220, Ley Universitaria, la elaboración de los instrumentos de gestión administrativa y académica, así como la formalización y administración como pliego presupuestal. Tras el deceso de la maestra Carmen Escobedo en 2020, asumió el cargo de presidenta la maestra Lydia Hung, con quien se ha venido continuando con las acciones desplegadas por la institución en materia educativa, de infraestructura, adquisiciones de instrumentos y avance administrativo, aspectos que no se han detenido pese a la coyuntura de pandemia y que forman parte del adecuado despliegue de la Universidad Nacional de Música en su contribución educativa y artística para el Perú. Actualmente, la UNM se encuentra enfocada en lograr el licenciamiento que otorga la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria (SUNEDU).

Toda esta historia coloca a la Universidad Nacional de Música como la institución de enseñanza musical más importante del Perú, líder en su rubro y la misma que ha formado a los músicos más destacados del país. Sus 114 años de sostenida existencia así lo ratifican. ​