Ha completado un diploma de postgrado en musicología en el Conservatorio Nacional de Música del Perú (2006), una maestría en etnomusicología en Goldsmiths, Universidad de Londres (2007-2008) y un doctorado en música (etnomusicología) en Royal Holloway, Universidad de Londres (2009-2014). La realización de estos estudios de postgrado fue posible gracias a múltiples becas a la excelencia otorgadas por las universidades británicas.
Es especialista en música híbrida urbana, y el uso de la música como nexo social en los contextos de post-guerra con énfasis en identidad juvenil, clases altas y blanquitud. Sus publicaciones son pioneras en la observación del impacto del conflicto armado interno peruano en las manifestaciones musicales de las clases altas tradicionales limeñas.
Ha publicado artículos etnomusicológicos en revistas y libros especializados, como Ethnomusicology Forum, Musiké y Music, Indigeneity, Digital Media, entre otros. Actualmente es profesora de etnomusicología en la Universidad de Keele, Reino Unido. Asimismo es curadora del archivo musical del Colegio de Etnomusicólogos del Reino Unido (BFE), donde también es parte del Directorio.
En 1994 el tenor peruano Ernesto Palacio lo invitó a Italia para que sea parte de una grabación de lo ópera de Vicente Martín y Soler. Juan Diego hizo su debut profesional en el Rossini Festival de Pesaro en 1996.
Tenía 23 años y actuó en la obra de teatro de La Scala de Milán, en el rol del Cavelier danese en Armide. Después actuó en el Royal Opera House, Covent Garden, cantando el papel del Conde Potoski. Estuvo también en la Opera Estatal de Viena en 2000 y en la Opera Metropolitan en la puesta en escena de El Barbero de Sevilla como el Conde de Almaviva.
En 2000 recibió el Premio Abbiaticomo como mejor cantante del año. También ha ganado el Rossini d´oro, el Bellini d´oro, el Premio Abbiati dado por la Asociación Italiana de Críticos de Música, el premio Aureliano Pertile, el Tamagno y el premio L´Opera award por su actuación de la Sonnambula en La Scala, además del Premio Plácido Domingo, entre otros.
Desde 2001 Juan Diego Flórez ha lanzado cuatro CDS bajo el sello Decca, con recitales solistas. Ha sido declarado por el conocido tenor Placido Domingo como el mejor tenor ligero de todos los tiempos, el máximo de su categoría.
En 2005 fue distinguido como Profesor Honorario del Conservatorio Nacional de Música.